烏魯木齊、昌吉和兵團(tuán)十二師在自治區(qū)黨委、自治區(qū)人民政府的決策部署下，于2012年6月成立了頭屯河沿岸綜合整治領(lǐng)導(dǎo)小組，建立了兩岸三地及自治區(qū)相關(guān)廳局共同參與的協(xié)調(diào)機(jī)制，力爭3至4年內(nèi)完成綜合整治工作。頭屯河沿岸綜合整治是自治區(qū)黨委、自治區(qū)人民政府實(shí)現(xiàn)環(huán)保優(yōu)先、生態(tài)立區(qū)的一項(xiàng)重點(diǎn)工程，對加強(qiáng)區(qū)域生態(tài)環(huán)境保護(hù)和建設(shè)，提高新型城鎮(zhèn)化水平，推動區(qū)域經(jīng)濟(jì)社會可持續(xù)發(fā)展意義重大。

由自治區(qū)環(huán)保廳負(fù)責(zé)組織、新疆環(huán)科院承擔(dān)編制的《頭屯河流域生態(tài)恢復(fù)與環(huán)境整治規(guī)劃》，旨在全流域開展生態(tài)恢復(fù)和環(huán)境整治，從全流域、從生態(tài)修復(fù)到污染控制全過程對頭屯河流域進(jìn)行系統(tǒng)的綜合整治，是實(shí)現(xiàn)流域生態(tài)環(huán)境質(zhì)量好轉(zhuǎn)的重要手段，也是頭屯河沿岸綜合整治的重要組成部分。

《規(guī)劃》以“環(huán)保優(yōu)先、生態(tài)立區(qū)”為宗旨，以生態(tài)文明建設(shè)為指導(dǎo)，堅(jiān)持“資源開發(fā)可持續(xù)、生態(tài)環(huán)境可持續(xù)”，按照實(shí)現(xiàn)區(qū)域統(tǒng)籌和可持續(xù)發(fā)展的新理念、新措施、新要求，從生態(tài)修復(fù)到污染控制全過程對頭屯河流域進(jìn)行系統(tǒng)的綜合整治，把頭屯河沿岸打造成為群眾受益的重大民生工程。

《規(guī)劃》強(qiáng)調(diào)分段治理，分區(qū)保護(hù)。根據(jù)自然環(huán)境特征、人類開發(fā)利用的影響方式以及存在的環(huán)境問題的不同等，把流域重點(diǎn)分為工業(yè)集中區(qū)污染治理、資源開發(fā)區(qū)生態(tài)恢復(fù)、城區(qū)河岸帶環(huán)境治理、農(nóng)村環(huán)境綜合整治、水土流失防治等幾個(gè)重點(diǎn)治理區(qū)域，分析其存在的主要生態(tài)環(huán)境問題，明確治理目標(biāo)，提出治理對策及治理工程；同時(shí)根據(jù)生態(tài)環(huán)境功能及社會經(jīng)濟(jì)活動特征，把整個(gè)流域劃分為飲用水源保護(hù)區(qū)、水源涵養(yǎng)區(qū)、水土保持區(qū)、聚居發(fā)展維護(hù)區(qū)、農(nóng)產(chǎn)品環(huán)境安全保障區(qū)、防風(fēng)固沙區(qū)等生態(tài)與環(huán)境管理分區(qū)，確定分區(qū)保護(hù)目標(biāo)及環(huán)境管理措施，對流域的生態(tài)環(huán)境問題既做到重點(diǎn)治理，又做到全流域覆蓋。